Las principales indicaciones para la EE son: el tratamiento de pacientes con coledocolitiasis residual o recidivante y con estenosis de la papila duodenal. Sus resultados favorables y el mejor conocimiento de su técnica han incrementado y motivado la aparición de nuevas indicaciones terapéuticas, siendo ampliamente utilizada en todo el mundo; se efectúan anualmente más de 70.000 EE, Y se expande su desarrollo terapéutico al incluir dilatación con balón, de estenosis benignas y malignas, colocación de sonda nasobiliar en colangitis aguda, tratamiento de patología pancreática como pancreatitis aguda y estenosis benigna o maligna; en el tratamiento de complicaciones de la colecistectomía laparoscópica, lesión de la vía biliar con o sin fístula, cálculos retenidos, etc.
Su papel como alternativa terapéutica del tratamiento de pacientes con obstrucción benigna o maligna, ha ganado aceptación en todo el mundo. Es la terapéutica de elección en pacientes con cálculos renales, llegando a tener un porcentaje de éxito del 90% en su remoción.
Otras indicaciones incluyen: Disfunción del esfínter de Oddi, pancreatitis biliar, síndrome del pozo, tumores de la papila, coledococele, remoción de fragmentos de cálculos del colédoco después de litotripsia extracorpórea, y colangitis aguda.